杀菌锅设备的传动系统拥有减速器与自动定位系统，使得可以有效地保证转动停止后锅体能够与其他的辅助设施始终保持在水平的位置。
杀菌锅应在运行之前安装温度计、水循环系统等附件，以便能够随时的检查流量是否处于稳定的状态。并且在启动设备之前，应检查锅炉门以及所有的阀门和仪表是否能够正常的进行关闭。而且在设备运行的时候，需要安排操作人员对杀菌锅进行随时的观察其的控制系统是否能够正常运行，当控制出现异常的时候则应该进行停机处理。
一般的杀菌锅能够采用高温以及高压来进行灭菌，所以在运行的时候设备会具有较高的温度。并且在杀菌完成后，不能时间打开设备，只有在将设备内部的压力全数排出后才能将锅门进行开启。
杀菌锅能够通过系统来自动设置杀菌参数，但是在其进行运行的时候不能对其的各项参数进行修改或重新设置。